1941 yılında dünyaya gelen Ergün Aybars, İstanbul doğumludur. Üç kardeşin ortancasıdır. İstanbul Saraçhane İlköğretim okulu, ardından Vefa Lisesi’nin ortaoukul bölümünde eğitim görmüş, Liseye ise Pertevniyal Lisesi’nde başlamış ancak, Çanakkale’de devam etmiş, son olarak Çankırı Lisesinden mezun olmuştur.
Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih Coğrafya Fakültesi Tarih Bölümünden mezun olmuştur.
Mezuniyetin ardından aynı fakültede asistan olarak çalışmaya başlamıştır. 1972 senesinde Tarih Doktor’u olan Ergün Aybars, 1979’da Doçent, 1980’de Türkiye Cumhuriyeti Tarihi Doçenti, 1987 yılında ise Profesör olmuştur.
Geçmişten günümüze Ege Üniversitesi Atatürk İlkeleri, Tarih Bölümü Başkanlığı ve Edebiyat Fakültesi Dekan Yardımcılığı görevlerinde bulunmuş, 1983 senesinde Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Atatürk Araştırma Merkezi bilim kurulu üyeliğine atanmış, 1995 yılında üyeliğinden istifa etmiştir. TSK, Atatürk Araştırma ve Eğitim Merkezi bilim kurulu üyesidir.
9 Eylül Üniversitesi Atatürk İlkeleri ve İnkilap Tarihi Enstitüsü Müdürlüğü görevini tam 22 sene sürdürmüş, 2008 yılında emekli olmuştur. 30 Eylül 1968 tarihinde evlenmiştir.
